คลองบางน้อยเป็นคลองธรรมชาติคดโค้ง บริเวณปากคลองบางน้อยเป็นที่ตั้งของตลาดน้ำบางน้อยและวัดเกาะแก้ว บริเวณคลองบางน้อยมีชุมชน 3 แห่ง ได้แก่ ชุมชนปากคลองบางน้อย (วัดเกาะแก้ว วัดเกาะใหญ่ ถึงวัดไทร) ชุมชนวัดปากง่าม และชุมชนบางน้อยใน (วัดบางน้อย) โดยมีวัดแห่งแรกบริเวณคลองบางน้อยคือวัดไทร ซึ่งขุนวิเศษฯ นายด่านมะขามเตี้ย ซึ่งเป็นนายด่านเจดีย์สามองค์ เมืองกาญจนบุรี ได้มาปฏิสังขรณ์ขึ้นใหม่ เมื่อ พ.ศ. 2023 ภายหลังมีการสร้างวัดต่าง ๆ ริมคลองคือ วัดบางน้อย (พ.ศ. 2215) วัดเกาะใหญ่ (พ.ศ. 2285) วัดเกาะแก้ว (พ.ศ. 2300) และวัดปากง่าม (พ.ศ. 2305)

เมื่อกรุงศรีอยุธยาเสียกรุงให้แก่พม่า สมเด็จพระเจ้าตากสินกู้เอกราชในศึกที่ค่ายบางกุ้ง บริเวณชุมชนวัดเกาะแก้วซึ่งตั้งอยู่ปากคลองบางน้อย กองทัพพม่าเคยมาตั้งทัพอยู่บริเวณนี้ (รวมถึงบริเวณวัดบางพลับ)

ประมาณ พ.ศ. 2450 มีการตั้งศาลเจ้าพ่อโรงโขนชุมชนบางน้อยใน

ในพระราชหัตถเลขาพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จประพาสมณฑลราชบุรี ได้กล่าวถึงสภาพคลองบางน้อยตอนหนึ่งว่า "วันที่ 30 สิงหาคม ร.ศก 128 เวลาบ่าย 2 โมงเศษ ลงเรือล่องไปตามลำน้ำ เลี้ยวเข้าคลองบางน้อยฝั่งตะวันออก คลองนี้เป็นคลองเก่าลึกและกว้าง สายน้ำเชี่ยวแรง ตามลำคลองมีสวนหมาก มะพร้าว และผลไม้หนาแน่นลักษณะสวนเมืองสมุทรสงคราม มีบ้านเรือนฝากระดานเป็นพื้นติดต่อกันเข้าไป วัดใหญ่ ๆ ก็มีหลายวัด ข้างในมีแยกหลายแยก แต่ที่เป็นทางร่วมไปคลองดำเนินสะดวกทางหนึ่ง ไปสมุทรสงครามทางหนึ่ง ออกทางปากคลองนี้ทางหนึ่ง มีตลาดซื้อขายของสด เป็นตลาดประจำอยู่ทุกวัน แต่ทางดำเนินสะดวกได้ปิดเสียเมื่อเวลาได้ทำประตูน้ำนี้แล้ว เพราะฉะนั้นน้ำจึงได้บ่าลงมาคลองนี้ไหลเชี่ยว"[2]

ช่วงสงครามโลกครั้งที่สองมีผู้คนอพยพย้ายถิ่นฐานเข้ามาอยู่อาศัยบริเวณคลองบางน้อยมากขึ้น เช่นจากอัมพวา บางนกแขวก ราชบุรี เพื่อหนีภัยสงคราม หลังจากนั้นชุมชนคลองบางน้อยประกอบอาชีพเกษตรกรรมทำสวนผลไม้ เช่น มะพร้าว กล้วย ลิ้นจี่ ส้มโอ จนเมื่อมีการตัดถนนทำให้การสัญจรโดยคลองลดลง ในช่วง พ.ศ. 2539 เกิดน้ำท่วมใหญ่บริเวณคลองบางน้อย[3]